嬰兒用金黴素眼膏是否有危害，應根據用藥時間來分析。短期外用金黴素眼膏無明顯危害，長期或盲目用藥有可能會出現視物模糊、過敏反應、耐藥菌株過度生長等不良反應。
金黴素眼膏屬於四環素類抗生素，可有效對抗支原體衣原體、結核桿菌、金黃色葡萄球菌、化膿性鏈球菌、肺炎鏈球菌等病菌。當嬰兒出現沙眼、角膜炎、結膜炎等疾病時，將金黴素眼膏塗抹在眼瞼內抗菌消炎，促使病情儘快好轉。因是局部用藥，很少被身體吸收，所以對患兒的影響不大。
但用藥必須嚴格在醫生的指導下，由成年人監護使用。如盲目用藥，可能會刺激眼瞼，影響視力，導致視物模糊表現。還可能引起過敏反應，有眼睛充血、水腫、瘙癢等不適感，對四環素類藥物過敏時嚴禁用藥，否則過敏反應會更嚴重。另外，長期用藥，還可能產生耐藥性，使耐藥菌過度生長，影響治病效果。
