房間隔缺損屬於先天性心臟病，具體病因未明顯，一般認爲與遺傳因素、母體因素等因素有關。
1、遺傳因素
房間隔缺損與遺傳性因素有關，遺傳因素佔到發病率75~85%左右。因此該病具有家族聚集性特點，直系親屬中一人患病，其他親屬患病率明顯增高。爲切斷這一誘發因素，女性孕前應做好體檢，儘量避免受到遺傳性因素影響。
2、母體因素
孕婦在孕期受到病毒感染、應用藥物、伴有營養不良、過度酗酒、抽菸或過量服用某些特定藥物、患有糖尿病、貧血等其它慢性疾病等。不良母體因素影響胎兒正常發育，導致胎兒胎內先天性發育不良，出生後合併房間隔缺損。
