目前甲肝治療尚存許多不合理的用藥情況，據不完全統計，臨牀上有百分之二十到百分之三十甲肝患者病情加重，與不合理用藥有關。不少病人因爲誤治、亂治以及“自治”導致病情加重。治療甲肝合理用藥需要掌握“三項基本原則”。
這“三項基本原則”是：
講究安全性：治療甲肝用藥首先要強調安全性，甲肝患者病情變化多端，療程漫長，單一用藥難以達到治療目的，現多采用聯合治療，用藥安全是首要的。
追求有效性：使用藥物治療必須強調其有效性，所謂有效性必須是公認和明確的，不能是似是而非的。目前作爲治療甲肝的主打藥物抗甲肝病毒藥物，公認的只有干擾素、拉米夫定、阿德福韋等幾種，其他各種標榜具有抗甲肝病毒作用的藥物，尚未得到一致認可。以患者用藥，必須認真選擇，千萬不能草率，最佳的保證措施就是要到正規的專科醫院看病，萬不可輕信任何廣告和各種宣傳。
提倡經濟性：治療甲肝新藥種類繁多，療程漫長，缺乏一錘定音的特效藥物，甲肝患者病情反覆無常，用藥不斷，不少患者已經因病致貧。因此甲肝患者用藥一定要精打細算，少花冤枉錢，例如具有保肝降酶性質的藥物非常多，大夫選擇用藥時，一定要考慮到患者經濟承受能力，貨比三家，選擇價廉物美的藥物。
