慢性細菌性前列腺炎治療中複發率高，治療時間長，單純西醫治療效果不理想。一方面以給予抗生素爲主，抗生素的選擇決定於藥物對細菌的敏感性。另一方面，前列腺組織存在藥物透過屏障結構，必須考慮藥物的抗菌力及透過能力來選擇用藥。
1.抗生素治療
抗生素治療是臨牀上治療慢性前列腺炎的主要方法。由於前列腺表面有一層脂質包膜，大多數抗菌藥物難以透過包膜，進入腺體，達到有效的抑菌濃度，並且細菌產生抗藥性，分泌糖蛋白基質阻止抗生素進入細胞中，抑制抗生素的作用。所以在藥物選擇上，一定要注意一下問題：
(1)藥物的脂溶性，許多藥物都以擴散的方式通過生物膜，擴散通過主要依賴藥物的脂溶性，一般認爲非脂溶性藥物通過緩慢。
(2)藥物的解離度，藥物的解離度對藥物的轉運有一定影響，藥物一般由離子部分和非離子部分組成，一般只有非離子部分是脂溶性的，易於通過生物膜，因而藥物的解離常數就決定了其非離子部分的擴散。如青黴素類因解離常數較低，當血漿PH值在7.4時，99.99%爲離子型，難以進入前列腺內，所以很少使用。
(3)藥物的抗微生物針對性，由於慢性細菌性前列腺炎治療週期長，抗生素的使用一定要作體外藥敏試驗，據藥敏結果選擇適當的藥物。
目前在臨牀上常用的抗生素首選奎諾酮類藥物，其次是磺胺類藥物。如懷疑有支原體，衣原體感染，選用阿奇黴素，對有培養結果並進行藥敏試驗者，應選用敏感的藥物治療。
在治療中應該遵循有效、交替、堅持的原則，也就是治療中應選用有效的抗生素，療程足夠，並交替使用。一般用藥3天后患者症狀會有輕微緩解，繼續使用1～2個療程後療效逐漸明顯，但對於3個療程無效者，建議停用抗生素，或重做藥敏試驗或採用其他方法治療。
2.α-受體阻滯劑
在前列腺炎的患者有排尿梗阻症狀時，認爲可能與膀胱頸、前列腺及尿道的a-受體的敏感性過高有關。使用α-受體阻滯劑能降低尿道壓力，使緊張的膀胱頸和前列腺部尿道鬆弛，消除排尿時前列腺內尿液反流，減少細菌隨尿液的逆流，改善其排尿刺激症狀。這類藥物有特拉唑嗪，阿夫唑嗪，坦索羅辛等。
3.非甾體類抗炎藥
可通過阻斷炎症過程而能起到減輕炎症、改善疼痛症狀的短期作用，如消炎痛、布諾芬、別嘌呤醇等。
