由於功能性消化不良的發病機理尚不完全清楚，個體的發病機制不盡相同。對於不同個體，根據不同症狀，採用不同的治療方式，是目前治療功能性消化不良的主要措施。
(一)抑制胃酸分泌藥
包括質子泵抑制劑和H2受體拮抗劑。
一般用於以上腹痛、反酸、燒心爲主要症狀的患者。
(二)促胃腸動力藥
一般適用於於上腹脹、早飽、噯氣爲主要症狀患者。多潘立酮10mg,3次/日，或莫沙必利5-10mg,3次/日，均在餐前15-30分鐘服用，先用兩週。可以改善由於胃腸動力障礙的功能性消化不良患者，可以促進胃排空。
(三)根除幽門螺桿菌治療
Hp陽性的功能性消化不良患者，通過根除幽門螺桿菌感染，症狀緩解率可達87%。美國胃腸病學會提出，鑑於消化性潰瘍的危險性，對於無報警症狀的年輕患者推薦應用無創傷性的Hp檢測和治療。因此，因此Hp感染的功能性消化不良患者，推薦進行抗幽門螺桿菌治療，但是治療前需要向患者解釋治療的獲益和風險，解釋其療效、不良反應及治療價值後，醫患協商共同決定治療。
(四)抗抑鬱藥
精神藥物可以用於治療頑固性功能性消化不良。常用的藥物有三環類和5-HT再攝取抑制劑(SSRI)如百憂解、賽樂特等。研究發現，抗抑鬱治療可以明顯改善部分頑固性功能性消化不良患者的臨牀症狀，其機制可能是通過改變患者胃的機械感覺閾值和睡眠來完成的。抑鬱如阿米替林;新的珍有選擇性抑制5-羥色胺再攝取的抗抑鬱藥如帕羅西汀等，宜從小劑量開始，注意藥物的不良反應。
(五) 胃腸動力和感覺調節劑
5-HT4受體激動劑替加色羅(澤馬可)已經用於治療便祕型的腸易激綜合症。替加色羅可以增強腸道的動力，同時對感覺高敏的腸道引起的腹脹、腹痛等症狀有效。因而，可改善功能性消化不良患者的上腹脹、早飽等症狀，但是近來發現其有嚴重的不良反應，限制在臨牀的應用。
(六)內臟鎮痛藥
內臟鎮痛藥可以緩解因來源於胃十二指腸感覺傳入異常導致的消化不良症狀。國外研究資料表明，內臟鎮痛藥Fedotozine作爲胃腸道傳入神經元的末梢k受體的激動劑，可以顯著改善上腹痛和噁心症狀，總體症狀積分明顯改善。
5-HT3受體拮抗劑可用於動力障礙型的功能性消化不良，恩丹西隆可以明顯改善餐後不適、飽脹和燒心等上消化道症狀，目前認爲可以用於治療功能性消化不良。
奧曲肽是一種長效的生長激素的類似物。在健康人，可以誘發十二指腸的MMC III期的運動，認爲其具有促動力作用和減低內臟感覺作用。
可用黏膜保護劑，如氫氧化鋁凝膠、鉍劑、硫糖鋁、麥滋林-S等。
