單純依靠藥物治療牙齦萎縮，效果並不理想，但可緩解不適症狀，如出現牙齦紅腫疼痛時可用抗生素抗感染；還可用水溶性維生素、降糖藥等治療原發病等。
一、對症用藥
牙齦萎縮出現後不可逆轉，單純依靠藥物治療沒作用。但牙齦萎縮伴隨牙齦紅腫、疼痛症狀，或誘發牙髓炎時，可用抗生素抗菌消炎，緩解不適。
二、針對病因用藥
1.水溶性維生素
針對病因用藥，可延緩牙齦萎縮。如體內缺乏維生素C時會導致牙齦萎縮，此時可服用一些水溶性維生素治療原發病，防止牙齦萎縮加重。
2.降糖藥
糖尿病會誘發牙齦萎縮，需嚴格遵醫囑應用降糖藥控制血糖，也可促使牙齦萎縮好轉。
