一般情況下，偶爾吃一次緊急避孕藥對身體無太大影響。若頻繁性服用會導致女性月經不調、排卵週期紊亂等問題。
緊急避孕藥爲高效孕激素，能夠控制卵巢排卵，打破卵巢原有自然規律，而孕激素會促使內膜增厚，服藥後，可能會出現撤退性出血症狀。
其次緊急避孕藥會影響女性體內蛋白、糖、脂肪正常代謝，造成血壓增高、動脈硬化、凝血功能失常，或誘發血栓性疾病，但其代謝較快，正常3天可從體內代謝，吃一次對身體的影響不大。
