雖然確切的遺傳基因並不清楚，但是目前認爲多囊卵巢綜合徵(PCOS)是一種多基因遺傳性疾病，需要長期服用藥物來控制。如果能夠在醫生的指導下使病情得到很好的控制，那麼PCOS患者就和正常人沒有什麼差異。
如果多囊卵巢綜合徵(PCOS)沒有得到很好的控制，疾病就會進行性發展，病情越來越重。遠期併發症主要有兩個，一個是代謝綜合徵，包括糖代謝和脂代謝的異常，糖代謝異常必然會導致糖尿病，而脂代謝異常則可引發很多問題，如血脂異常、冠心病、腦血管疾病等;另一個是子宮內膜癌，多發於40歲以上的婦女。
此外，多囊卵巢綜合徵引起的另一個問題就是由於不排卵造成的不育。多囊卵巢綜合徵患者若長期無排卵，雌激素長期作用於子宮內膜，可導致子宮內膜增生過長(增殖症)，甚至子宮內膜癌。有的患者排卵非常困難，而且病情頑固，難以進行促排卵治療，所以對這類患者的不孕治療也是一個世界性的難題。
