約半數以上的再生障礙性貧血患者無明確病因可尋，稱爲原發性再障。以下所述爲繼發性再障的可能病因。
(1)化學因素：包括藥物和化學物質，如氯黴素類抗生素、磺胺類藥物、抗腫瘤化療藥物、殺蟲劑以及苯等。其中高度相關的有苯及其衍生物和各種抗腫瘤藥物。國內以往氯（合）黴素所致再障的報道較多，近年隨着該類抗生素應用的減少，其在再障發病中的意義已不突出。相反，接觸苯及其相關製劑引起的再障仍屢有發生，應予重視。化學物質引發的骨髓增生不良有的與劑量有關，有的與個體敏感性相關。如抗腫瘤藥物與苯對骨髓的抑制與劑量有關，氯黴素類抗生素、磺胺類藥物及殺蟲劑引起的再障與劑量關係不大，但與個人敏感性有關。
(2)物理因素：X線、鐳及放射性核素等可影響DNA的複製，抑制細胞有絲分裂，干擾骨髓細胞生成，使造血幹細胞數量減少。骨髓是放射敏感組織，其抑制程度與放射呈劑量依賴性效應。
(3)生物因素：流行病學調查和研究表明，再障發病可能與多種病毒感染有關，其中以病毒性肝炎爲主。肝炎相關性再障多繼發於乙型或丙型肝炎，機制可能與病毒抑制造血細胞或免疫因素有關。患者多爲男性青年患者，在恢復期發病，預後較差。其他可疑相關病毒尚有EB病毒、微小病毒及HIV病毒等。
