治療肛瘻，手術是主要的辦法，原則是切除瘻管以形成開放性傷口進行癒合。手術的關鍵是確定瘻管的行程和內部位置。最大限度地減少對患者肛門括約肌的損害，並避免肛門瘻的復發。如果無法進行手術，則可以使用藥物暫時緩解症狀。
肛瘻是肛管和肛周皮膚的傳染通道，由三部分組成：內口，瘻管和外口。主要侵襲肛管，很少累及直腸，長期不愈，是肛腸疾病的常見病，發病率僅次於痔瘡，可發生於任何年齡，多見於年輕男性，那麼肛瘻有什麼治療方法？
肛瘻的病因多爲一般化膿性感染，少數結核，克羅恩病，潰瘍性結腸炎，惡性腫瘤，肛管損傷等也可形成肛瘻。多數肛瘻來自直腸周圍的肛門直腸膿腫。當膿腫破裂或切斷引流時，成爲外口；膿腫縮小並形成感染管道，原始病變成爲感染源，並不斷進入管道內口。
1.藥物治療-暫時緩解，無法治癒
肛瘻的早期治療方法之一是藥物治療，早期的肛瘻患者，許多人會選擇服用一些頭孢類抗炎藥或塗抹型抗炎藥膏，但權威專家指出，肛瘻的發病機理在於感染後，純藥物只能消除表面症狀並防止深層病變。而且，如果外口癒合並且內口繼續被感染，則容易在體內形成更多的瘻管並發展爲複雜的肛瘻，這更難以治療。因此，最有效的治療方法需要手術。
2.傳統手術-痛苦，不完整
目前，在臨牀實踐中有一些傳統方法可早期治療肛瘻，治療方法是通過傳統的診斷和方法檢查患者。這種方法基於醫生的經驗，因此缺乏科學依據。在手術過程中，患者被完全切開並引流，患者遭受巨大的痛苦，影響正常的工作和生活。
3.醫學治療
外部治療：肛門局部中藥液浴，燻蒸或高錳酸鉀洗液溫水浴，並外用抗菌藥膏；抗生素：急性感染髮作或全身感染均可在指導下使用抗生素。
4.手術治療
手術是治療肛瘻的主要手段，基本原則是：清除病變，順暢引流，儘可能減少肛門括約肌損傷以及保護肛門功能。由於肛瘻的複雜性和某些特殊的病理學背景，肛瘻手術後有一定的複發率。不應盲目追求手術激進，不要忽視可能帶來的嚴重併發症，中醫治療僅限於調整患者的康復期和不適合手術的患者。
