直腸息肉可能是基因遺傳等先天性因素所致，與日常不良飲食習慣也有密不可分的關聯性。而如果直腸黏膜受到嚴重的機械性損傷，則也會引起異常增生，從而形成息肉。另外，還有可能是長期炎症刺激或者血吸蟲病、慢性便祕等病症誘發。
有不少人在出現肛門疼痛出血症狀時，都會去肛腸外科進行檢查，而此時就可能會被診斷爲直腸息肉。但由於對直腸息肉瞭解不多，往往就不清楚自己到底爲什麼會患病，從而影響到正常治療和護理，那麼直腸息肉的病因是什麼呢？
1、基因遺傳
直腸息肉的發病具有家族遺傳傾向，可能與基因突變和染色體異常等先天性因素有關。特別是對於直腸腺瘤性息肉而言，極有可能是抑癌基因發生變異所致。故若家族中有人患病，則後代患病可能性就會比較大。
2、不良飲食習慣
日常不良飲食是導致直腸息肉發生的主要因素。如果進食的脂肪類食物超過所有膳食的40%及以上，或者平時喜歡吃過於辛辣刺激性食物，就會增加直腸和結腸中的膽酸含量，並會產生較大刺激性，從而誘發息肉組織出現。
3、機械損傷
如果直腸黏膜受到機械性損傷，比如大便中帶有粗渣或者異物，以及其它因素導致的外傷，就會讓腸粘膜的平衡狀態受到破壞，可能會導致細胞產生量增加或者腸粘膜上皮凋亡速度大大減慢，發生異常增生病竈，久而久之就會形成腸息肉狀突起。
4、炎症刺激
當直腸黏膜感染有慢性炎症，且長期性不能得到控制，便會導致大腸黏膜產生息肉狀肉芽腫。這主要是由於炎症刺激會讓腸道黏膜潰瘍面持續性處於充血水腫狀態，即便是癒合，也會形成瘢痕，並會因爲收縮而引起黏膜突起，或者會導致肉芽組織出現增生等病變，一旦形成覆蓋就會生成息肉。
5、其它病因
部分直腸息肉患者是由於原本患有痢疾、血吸蟲病、蟯蟲病等腸道疾病而發病，也可能是慢性便祕刺激到直腸黏膜的緣故。
