艾草能消毒殺菌。艾草對於部分病毒和細菌有消除作用，但不能代替專業的抗病毒藥及抗菌藥。
艾草是常見的中藥材，其中含有艾葉油、反式香葦醇等營養成分，從中醫角度來看，艾草味辛、苦，性溫，歸脾經、肝經及腎經，具有滅菌消毒、驅蟲等作用。艾草燃燒時產生的煙霧具有消毒作用，主要用於空氣消毒，對部分病毒有預防效果。夏季蚊蟲較多的季節，通過燃燒艾草可以減少蚊蟲出現，還可將潮溼房間內的細菌等微生物清除。
將乾枯的艾葉煮水，用來薰洗或浸泡，同樣可以達到殺菌消毒的作用。如女性陰道瘙癢，可以用煮好的艾葉水薰洗，殺滅一部分致病菌，緩解瘙癢症狀。如果因爲不注意個人衛生而造成尿道感染，可以將艾草和車前子等藥物混合熬水薰私處，效果比較明顯。但如果有明顯的病毒感染和細菌感染，需要使用專門的抗病毒藥和抗菌藥，不可用艾草來替代。
