腦腫瘤病兒普遍都有神經認知缺陷，缺陷的程度主要依賴於接受治療時的年齡和放療的劑量。對於局竈性腦幹腫瘤的倖存者來講，就診時症狀的持續時間以及腫瘤相關的致殘的嚴重程度是最重要的預測預後的因素。
需要分流的病人增加了因爲慢性的植入導管的長期的致殘表現，例如感染和外科調整的潛在危險。生存是最重要的長期結果，鑑於病人可能會生存超過十年，因此有許多因素需要考慮。
由於還有很多其他的很多治療方法，因此外科手術的目的主要在於安全的情況下來獲得組織病理診斷(減少致殘性而不是全切腫瘤是主要的目標)。同樣放療的長期併發症也使得化療這個較少引起致殘性的手段得以考慮。
治療手段應當個體化，應當要將病人的物理的，遺傳的和認知的因素一起來考慮。例如NF1病人，如果治療進展很侷限或者無症狀，則治療應當被推遲。對於許多其他病人，未能全切的病人將會復發，治療則不應被推遲。
很多證據都認爲腫瘤病人進行多學科的評價是非常重要的。除了與治療有關的醫學和身體的問題以外，例如癲癇控制，身體和職業訓練。必須把注意力放在認知上。爲了處理這些問題，心理學醫生，神經心理醫生和學校聯絡專家都是需要的。
和兒童腦幹膠質瘤不同，成人腦幹膠質瘤罕見。除了頂蓋膠質瘤以外，它們的臨牀行爲更類似於幕上膠質瘤。一組48例 的腦幹膠質瘤病人，可以歸於如下的幾類：
瀰漫性內生性低度惡性膠質瘤，46%，多見於年輕成人，在診斷之前，病史較長。影像學上表現爲增大的腦幹，且沒有強化。大部分病人，62%對放療敏感。中位生存期大於7.3年。間變27%和惡性生長23%是導致死亡的主要的原因。
惡性膠質瘤，31%，見於年長的病人，臨牀病史短暫，MRI的特點爲對比增強和壞死。對治療不敏感，中位生存期11.2月。
頂蓋膠質瘤，佔8%，多見於年輕病人，常常因爲腦積水而發現。在兒童病人，症常常隱匿，中位生存期常常超過10年。
新近診斷的局竈性腦幹膠質瘤，除了頂蓋膠質瘤以外，都有手術切除或者活檢的指徵。頂蓋膠質瘤在發現的時候不需要進行手術治療。腦積水可以處理，但是腫瘤僅僅需要觀察而已。
腦幹膠質瘤累及延髓或者其它區域，當外科手術有很高的致殘的可能性時，也不應被施行。
當不可切除的或者不全切除的腫瘤病人，年齡和神經功能缺損成爲很重要的運算規則。對於那些小於10歲的病人，化療的施行可以延遲放療的給於。進展性的症狀出現時，則需要更激進的治療。對於青少年和成人，化療的作用尚不能確定，放療的作用較爲明確，且有較少的副作用。復發病變可以通過相似的處理。
