治療目的是控制急性發作，維持緩解，減少復發，防治併發症。
（一）一般治療
強調休息、飲食和營養。對活動期患者應有充分休息，給予流質或半流飲食，待病情好轉後改爲富營養少渣飲食。重症或暴髮型患者應人院治療，及時糾正水、電解質平衡紊亂，貧血者可輸血，低蛋白血癥者輸注入血清白蛋白。病情嚴重應禁食，並予完全胃腸外營養治療。患者的情緒對病情會有影響，可予心理治療。
對腹痛、腹瀉的對症治療，權衡利害，使用抗膽鹼性藥物和止瀉藥，如地芬諾酯(苯乙胺)和羅哌胺慎重，重症患者應禁用，有誘發中毒性結腸的危險。
抗生素治療對一般病例沒有指徵。但對重症有繼發感染者，應積極抗菌治療，給予廣譜抗生素，靜脈給藥，合用甲硝唑對厭氧菌感染有效。
(2)藥物治療
1、氨基水楊酸製劑柳氮磺吡啶(SASP)是治療本病的常用藥物。該藥物適用於輕度、中度或重度糖皮質激素治療。用藥方法:4g/d，分4次口服。病情完全緩解後，必須繼續用藥長期維持治療。這種藥物的不良反應分爲兩種，一種是與劑量相關的不良反應，如噁心、嘔吐、食慾減退、頭痛、可逆性男性不育等，餐後服藥可減輕消化道反應。另一種不良反應過敏，皮疹、粒細胞減少、自身免疫性溶血、再生障礙性貧血等，服藥期間必須定期複查血象，發生這種不良反應時，應改用其他藥物。口服5-ASA的新制劑可以避免在小腸附近被吸收，在結腸內發揮藥效。這種製劑有各種控釋劑型的美沙拉嗪、奧沙拉嗪和巴柳氮。口服5-ASA新型製劑療效與SASP相似，優點是不良反應明顯減少，缺點是價格昂貴，特別適用於SASP無法忍受的人。5-ASA灌腸劑適用於病變侷限於直腸乙狀結腸者，栓劑適用於病變侷限於直腸者。
2、糖皮質激素在急性發作期間有效。適用於氨基水楊酸製劑療效差的輕、中度患者，特別適用於重度患者和急性發型患者。一般口服潑尼鬆40~60rag/d重症患者首先大量靜脈滴注，如氫化鬆300rag/d、甲潑尼龍48mg/d或地塞米松10mg/d，7~10天后改爲口服潑尼鬆60rag/d。病情緩解後，每1~2周減少5~10mg的使用量，停藥。在減量期間加入氨基水楊酸製劑，接受激素治療。
病變侷限於直腸乙狀結腸總者，可用琥珀酸鈉氫化鬆(不可用氫化鬆醇溶劑)100mg或地塞米松5mg加生理鹽水100ml保留灌腸，每晚1次。病變僅限於直腸者有條件時，布地奈德(budesonine)泡沫灌腸劑2mg留灌腸，每晚1次，該藥以局部作用爲主要糖皮質激素，全身不良反應少。
3、免疫抑制劑硫唑嘌呤或砂漿可試用於對激素治療效果差或對激素依賴的慢性持續型病例，加入此類藥物後，可逐漸減少激素的使用量，停止使用。近年來，國外報道，對嚴重潰瘍性結腸炎急性發作靜脈用糖皮質激素治療無效的病例，應用環孢素4mg/d)靜脈滴注，大多數患者可以暫時緩解。
(3)手術治療
緊急手術指出，大出血、腸穿孔、嚴重患者，特別是合併中毒性巨大結腸積極內科治療無效，伴有嚴重毒血癥狀者。擇期手術指徵：①併發結腸癌變；②慢性持續型病例內科治療效果不理想而嚴重影響生活質量，或雖然用糖皮質激素可控制病情但糖皮質激素不良反應太大不能耐受者。一般採用全結腸切除加回腸肛門小袋吻合術。
本病活動期治療方案的選擇主要根據臨牀嚴重性和病變部位，根據治療反應決定。緩解期主要用氨基水楊酸製劑維持治療。SASP的維護治療劑量以往推薦2g/d，但近年來，國外研究證明3~4g/d療效較好。5-ASA製劑維持治療劑量和誘導緩和時使用的劑量。患者活動期間的緩和是由硫唑布丁和光亮布丁引導的，用同樣的劑量維持這種藥。雖然維持治療的療程並不統一，但一般認爲至少要維持3年。
