中醫認爲潰瘍性結腸炎屬於痢疾、瀉、腸風、下利等範疇。在治療方面，主張鑑別治療，主要分爲
腸道溼熱證
主要症狀有腹痛腹瀉、下膿、次數多、口乾口苦、發熱、舌質紅、苔黃、脈滑數。
治療方法:清腸化溼。處方:芍藥湯。常用藥物:黃連、黃芩、白芍、木香、甘草。臨證加減：如大便帶血，加地榆、仙鶴草、槐花；如熱盛入絡，出血不止，加水牛角片、赤芍、丹皮、生地、黑山梔；溼濁較重，舌苔垢膩，加石菖蒲、生苡仁、敗醬草。
虛弱證
主要症狀是腹部隱痛，大便瀑布薄，食慾不振，稍加油膩就腹痛腹瀉，神疲力盡，舌質，體重大，邊有齒痕，苔薄白，脈弱。
治法：健脾化溼。方劑：參苓白朮丸。常用藥物:黨蔘、白朮、茯苓、山藥、扁豆、薏仁、砂仁、陳皮、甘草。臨證加減:食慾不振時，大便夾着不消化的食物，加入神曲、焦山楂的肝鬱脾虛、腹部疼痛、疼痛引起腹瀉(白朮、白芍、防風、陳皮)加入木瓜的脾腎虛、大便薄、五更黎明引起腹瀉、寒冷、加理中丸(黨蔘、乾薑、白朮、甘草)、四神丸(肉豆蔻、吳朱
肝腎陰虛證
主要症狀是大便乾燥不良，夾有粘液，便下膿血，身體瘦弱，口乾或低熱，舌質紅苔無裂紋，脈細數。
治療方法:滋腎養肝。方劑:六味地黃丸。常用藥物:乾地黃、山楂、山藥、茯苓、丹皮、枸杞子、白芍。臨證加減：陰虛絡澀不暢，腹痛或腹有包塊加當歸、桃仁、赤芍、莪術；陰虛血熱，便夾鮮血，加二至丸（女貞子、旱蓮草）、側柏葉、地榆、仙鶴草；排便不暢，加決明子、何首烏、當歸。
