兒童潰瘍性結腸炎的主要治療方法有非手術治療和手術治療。具體如下:
一、非手術治療
1、飲食療法:急性期修正水電解質紊亂，改善貧血和低蛋白血癥，必要時禁止腸道外營養，使腸道休息，症狀好轉後可以給要素飲食。緩解期期間，必須吃容易消化的纖維富含蛋白質和碳水化合物的飲食。
2、藥物治療：
磺胺類是一般用柳氮磺吡啶（水楊酸偶氮磺胺吡啶，SASP），適用於輕度或中度患者。每天40~60毫克/公斤，口服2~4次，最大劑量不超過4克，維持1~2年。對於停藥後容易復發的人，可以選擇少量長期維持治療。例如，每天2g藥物2周，停藥1周，交替治療1~2年。效率在80%以上。本藥不良反應有噁心、嘔吐、頭痛、白細胞減少、溶血、關節痛、皮疹等。
甲硝唑可抑制腸道厭氧菌，並有免疫抑制、影響白細胞趨化等作用。該藥可明顯減輕內急後重症狀，對有肛周病和瘻管的患者療效明顯。用法爲每天1.2g，分3~4次口服，療程爲3~6個月，病程爲1年以上者效率爲60%~70%。不良反應有噁心、金屬味道等。
抗生素是青黴素、慶大黴素、氨溴索(氨溴索)、先驅黴素等。給予解痙、止痛、止瀉的營養，修正水電解質紊亂，改善貧血和低蛋白血癥。必要時可給腸道外營養療法，讓腸道休息，病情好轉後可給元素飲食。其他藥物，如免疫抑制藥硫唑嘌呤、左旋咪唑等，均可與腎上腺皮質激素合併應用，具有一定的療效。免疫抑制劑可選用氫化鬆(灌腸或靜脈滴注)，潑尼鬆1~2mg/(kg·d)，但不能長期應用，症狀緩和後逐漸停藥。硫布丁(6-MP)經常與激素結合，可以減輕症狀。
二、手術治療
1、長期對症治療，症狀不緩解。嚴重影響生長髮育者。
2、在對症治療過程中發生了合併證，如結腸狹窄、結腸穿孔、大出血及中毒性巨結腸者須急診手術。手術方式須根據病兒年齡、病程長短、病變程度、症狀輕、重、緩、急來選擇不同的手術方式，如結腸次全切除、結腸全切，永久性腸造瘻等。
小兒潰瘍性結腸病因不明又無特效治療方法，病程較長，有多次緩解和復發，故不易徹底治癒。輕型病例經對症治療後病情可長期緩解，嚴重者預後較差。
