假性幽門化生是多數是由於慢性萎縮性胃炎而產生，而引起慢性萎縮性胃炎的病因和發病機制一般認爲在免疫因素、膽汁反流、生物因素、藥物因素以及急性胃炎、口腔和鼻咽感染等的影響下，加之情志失調、飲食不節、過度疲勞、失眠、受涼等。
引起胃粘膜慢性炎症，使胃粘膜表面反覆受到損害，久之導致胃分泌腺體萎縮，胃粘膜變色、變薄、血管顯露，胃酸分泌減少，消化功能減弱，胃蠕動功能失調等，從而形成慢性萎縮性胃炎。中醫認爲脾胃虛弱、氣機壅滯是慢性萎縮性胃炎的基本病理機制。
老年陰虧、七情內傷、飲食痰積、久病致瘀諸因素都可使脾胃功能受損，升降無力，氣機運行不暢，而呈現胃脘部脹滿、隱痛、納差、乏力等症狀。本病屬本虛標實、寒熱錯雜之證，以正虛爲本，正越虛則邪越結，邪越結則正越虛，常互相影響，難以速愈。可能與下列因素有關：
1、慢性淺表性胃炎的繼續：慢性萎縮性胃炎可由慢性淺表性胃炎發展而來，6個醫院報告經5～8年的隨訪觀察淺表性胃炎164例，其中34例轉變成慢性萎縮性胃炎（20.7％）。慢性淺表性胃炎的病因，均可成爲慢性萎縮性胃炎的致病與加重因素。
2、遺傳因素：根據調查，慢性萎縮性胃炎病人的第一代親屬間，慢性萎縮性胃炎的發病率明顯增高，惡性貧血的遺傳因素也很明顯。有親戚關係的發病率比對照組大20倍，說明慢性萎縮性胃炎可能與遺傳因素有關。
3、金屬接觸：鉛作業工作者胃潰瘍發病率高，胃粘膜活組織檢查發現萎縮性胃炎發病率也增高。稱之爲排泄性胃炎。除鉛外很多重金屬如汞、碲、銅及鋅等對胃粘膜都有一定的損傷作用。
４、放射：放射治療潰瘍病或其他腫瘤，可使胃粘膜損傷甚至萎縮。
５、缺鐵性貧血：很多事實說明缺鐵性貧血與萎縮性胃炎關係密切，報道缺鐵性貧血50例，正常胃粘膜、淺表性胃炎及萎縮性胃炎各佔14％、46％及40％。但是貧血引起胃炎的機理尚不明了。
有些學者認爲胃炎是原發病，因爲胃炎胃酸低致鐵不能吸收，或因胃出血以致形成貧血，另一種意見認爲先有貧血，因爲身體內鐵缺乏使胃粘膜更新率受影響而容易發生炎症。
