乙型肝炎病毒目前發現至少有9個基因型，爲了辨認，人們用英文字母給它們編排成A、B、C、D、E、F、G、H、I——9個基因型。不同的基因型在全球流行的分佈不同。
我國流行的乙肝病毒以B型和C型爲主，而歐洲和美國等西方國家多爲A型。流行病學研究顯示：乙肝病毒B基因型感染者比C基因型的感染者較少發展成慢性肝炎、肝硬化和肝細胞癌。不同基因型的乙肝病毒對干擾素治療的反應也不同。A基因型療效最好，其次是D基因型，然後是B基因型，最難治療的是C基因型。
我國的乙肝病毒感染者中，C基因型爲佔60%，B基因型約30%;南方以B基因型爲主，北方以C基因型爲主，另有少數爲D基因型和B+C混合基因型感染。因此，我國的慢性乙型肝炎比西方國家更難，干擾素的療效較差。
不過，現在大多數乙型肝炎患者都服用核苷(酸)類藥物治療。核苷(酸)類藥物無論對哪種基因型的療效都很好，療效沒有明顯差異。即使用干擾素治療，也可以通過一些化驗指標來預測療效。
我國2015年《慢性乙型肝炎防治指南》提出HBeAg陽性慢性乙型肝炎患者接受聚乙二醇化干擾素α治療的患者在治療前的預測因素有5條：
(1)HBV DNA<2×10的8次方 IU/ml;
(2)高ALT水平;
(3)基因型爲A或B型;
(4)基線低HBsAg水平;
(5)肝組織炎症壞死G2以上。
這5條中，除了第3條外，其他4條如果符合，也可以用干擾素治療。
由於檢測乙肝病毒的基因型對治療方案的影響不大，而檢測乙肝病毒的基因型還要花很多錢，並且尚需要等待較長的時間才能回報檢測結果。因此，如果不是臨牀研究需要，乙肝病毒感染者要治療前不必非要檢測乙肝病毒的基因型。
