習慣性便祕的原因主要有以下幾個。
1、心理因素:緊張、悲傷、不安、注意力集中在某項工作上，精神上受到恐怖等強烈刺激，皮層和植物神經紊亂，便意消失。
2、胃腸道運動緩慢：缺乏B族維生素、甲狀腺功能減退、內分泌失調、營養缺乏等，可影響整個胃腸蠕動，使食物通過緩慢，形成便祕。
3、腸道運動亢進：促進腸蠕動亢進的副交感神經異常興奮時，可導致腸運動異常，出現痙攣性收縮，可引起便祕或腹瀉交替進行，排出被痙攣的結腸切割成的如羊糞一樣的硬便。
4、腸道接受的刺激不足:飲食過少或食物中纖維素和水分不足，腸道接受的刺激量不足，不能引起腸、直腸的反射性蠕動，結果食物殘渣在腸內停留過長，水分充分吸收，大便乾燥，排出困難。
5、排便動力缺乏：手術損傷了肛門部肌肉，或者年老體弱、久病或產後，致使膈肌、腹肌、提肛肌收縮力減弱，使排便動力缺乏，糞便不易排出，發生便祕。
6、腸壁的應激性減弱：腹瀉之後，腸壁內神經感受細胞爲對抗腹瀉，保持正常生理，可應激性降低排糞活動引起便祕。長期使用刺激性瀉藥也可減弱腸壁的應激性，導致便祕加重。
