引起便祕的原因可以分爲功能性和器質性兩大類。所謂功能性便祕就是說排便的生理機能因某些原因發生了失調或紊亂，不能正常地按時把糞便排出體外，其常見原因有：
（1）精神神經因素：因爲排便動作是受大腦皮層隨意控制的動作，人可以隨意地延長排便時間。在工作繁忙或沒有適當的排便場所或條件時，通過腦皮層或植物神經系統，隨意和不隨意的反射活動可以緩解便意，糞便通過直腸向上逆行蠕動返回乙狀結腸，暫時不排便。這種對排便活動的隨意控制能力，有利於人們適應環境的變化，養成定時排便的習慣。然而，如果排便時間經常隨意延長，直腸壁上的神經細胞會在排便進入直腸後產生壓力，這是直腸停留時間而不引起排便反射的主要原因。這樣，就形成了所謂的習慣性便祕。許多人的便祕是因爲忽略了及時的排便。一些肛病，如肛裂、痔瘡等，患者怕大便時疼痛、脫落、出血，常有意識地控制、延長大便時間，也會產生這種習慣性便祕。情緒緊張、憂慮、注意力集中在某項工作上，或者精神上受到強烈刺激、恐懼時，便意消失，形成習慣性便祕。抑鬱型精神病和癲癇患者經常便祕，也屬於這個範圍。中風、結核性腦膜炎、流行性腦膜炎、脊髓損傷、脊髓損傷、斷裂的患者多爲暫時大便失禁，便祕和排便困難。
(2)胃腸道整體運動緩慢，營養不足，特別是b族維生素不足，慢性阿片中毒，甲狀腺功能減退等，可影響胃腸道整體正常蠕動，延長食物時間，運動緩慢引起便祕。
(3)腸道刺激不足，吃得太少，食物纖維素和水分不足，腸道不能形成一定量的刺激，腸道蠕動，立即將食物殘渣推向直腸。進入直腸後，由於量少，無法產生足夠的壓力，刺激直腸壁的神經感覺細胞，引起排便反射，引起便祕。
(4)排便動力不足。排便時不僅需要肛門括約肌的舒張，提肛肌的向上向外牽拉，而且還需要膈肌下降，腹肌收縮及大腿肌收縮來加強排出。人們用力排便時，常常暫時屏氣（停止呼吸），通過以上肌肉的收縮使胸內壓和腹內壓急劇上升，來推動糞便排出。因病、因年老體弱、或婦女生育使腹壁鬆弛、肛門手術使肌肉損傷後，膈肌、腹肌、提肛肌收縮力減弱，使排便動力缺乏，也會引起便祕。
（5）腸壁的反應性減弱。腸壁內的神經細胞受到炎症、痢疾等引起腹瀉的刺激時，爲了對抗腹瀉，維持人的正常生理，應激減少糞便活動。所以患腸炎、痢疾等發生腹瀉後，常常有短時期排便減弱性便祕。經常服用瀉藥或灌腸等，也可使腸壁應激性減弱，雖然受到足夠的刺激，也不能適時地引起排便反射，反而使便祕更加嚴重。
(6)鉛、砷、汞、磷等中毒，服用碳酸鈣、氫氧化鋁、阿托品、普魯苯辛、阿片等藥物可引起便祕，稱爲藥物性便祕。
所謂器質性便祕，即腹腔內、大腸、肛門內出現器質性病變，有障礙或影響糞便正常通過和排出，引起的便祕。大腸肛門良性和惡性腫瘤、慢性炎症等引起的腸腔狹窄變小，巨結腸引起的直腸痙攣變小，手術後併發的腸粘連、部分性腸梗阻等腹腔內巨大腫瘤，如卵巢囊腫、子宮肌瘤、妊娠、腹水等壓迫大腸，糞便通過困難這種便祕是由器質病變引起的，需要手術等解除病因，治癒便祕。
