一、西醫對於慢性非細菌性前列腺炎的病因並不十分清楚，目前認爲可能存在的因素有:
1.感染因素
(1)支原體感染。
(2)病毒感染。
(2)衣原體感染。
2.非感染因素
（1）前列腺反覆充血：認爲前列腺反覆充血是青少年慢性前列腺炎的原因之一；
(2)尿液迴流，因爲很多成年男性通過B超檢發現前列腺內有結石，但是X無法檢出線平片；
(3)免疫因素:許多學者發現慢性前列腺炎患者前列腺液IgA、IgG、IgM特別是升高IgA升高明顯;
(4)緊張因素:有研究認爲緊張可引起非淋菌性前列腺炎，不用藥物、不進行前列腺按摩，而僅僅施行以放鬆爲目的的行爲療法治療非淋菌性前列腺炎，甚至提出以"緊張性前列腺炎"命名這種疾病。但同樣的問題是緊張是開始因素(原因)還是結束表現(結果)，目前還沒有足夠的依據。
二、中醫病因學認爲：
1.房間因素:中青年男性思維活躍，性慾旺盛。如果有過度頻繁的性刺激，導致陰莖持續勃起，但沒有正常完整的射精過程。
2.有過非婚性行爲:淋菌性病毒的感覺治療後期不注意保健。
3.飲食因素:嗜食辛辣刺激性食物，過量飲酒，不僅滋生溼熱，還容易引起酒後混亂。
4.日常生活因素:久坐不起開車、辦公等；或者少喝水；或者小便忍受。
5、其他不良因素:涉水、淋雨、感冒風寒等。
