生殖器皰疹從感染到發病一般爲3-5天，患處先有燒灼感，然後出現紅斑，繼之在紅斑的基礎上發生多羣紅色丘疹，並感到熱癢，不久即可變成小水庖，數日後水皰變爲膿性，破後可形成糜爛，最後可結痂痊癒。整個病程15-20天。這是生殖器皰疹的主要生殖器皰疹的早期症狀表現。
男性生殖器皰疹，多生於龜頭、冠狀溝、包皮、陰莖體、尿道口和陰囊。男性同性戀者由於肛交，皰疹可發生於肛門及肛周，嚴重者可感染直腸。男性同時可併發尿道炎、膀胱炎和前列腺炎;女性可併發宮頸炎和子宮炎。大多數生殖器皰疹患者還可併發雙側腹股溝淋巴結腫大。
最常見的生殖器皰疹的早期症狀表現是一簇包含有流動性液體的大水皰，破裂後會產生疼痛的潰瘍，潰瘍之後結痂然後自愈。這個過程可能會持續好幾天。但是在有些人只表現爲皮膚上有一些小疹子和類似丘疹的小腫塊。還有些人有一些其他的症狀像小便澀痛，在一些女性中可以表現爲有陰道液體排出。
女性發病發生於大小陰脣、陰蒂或宮頸處，呈現集簇性分佈，先爲紅色丘疹，可變成小水瘡，皰疹半透明，內含黃色液體，抓後極易破潰糜爛，可灼熱疼痛，也可能出現繼發感染，腹股溝淋巴結腫大，有壓痛，但多不化膿。本病呈自限性，也就是說可以不治自愈，1-2周自然消退，當機體再次抵抗力下降，就又發作，如此反覆不止，很難根治可診斷爲複發性生殖器皰疹。
