慢性腸炎的治療用藥，關健是在組方。大便次數多不一定就用補藥，要辨證和辨病相結合，健脾和中和通補通用相結合，既要扶正，又要祛邪，扶正就是治本，祛邪就是要消除炎症。慢性腸炎用藥先掌握5個原則。
(1)消炎止痛：
細菌感染，除選用致菌培養有效抗生素外，可選用黃連、元胡止痛片、胃腸靈。病情出現發熱、脫水、休克可適當選用抗生素，必要時輸液輸血或吸氧。
(2)解痙止痛：可食用阿托品或普魯苯辛。
(3)止瀉劑可選用，次碳酸鉍以及複方樟腦酊。
(4)精神性腹瀉者，可服利眠寧。
(5)中藥方面：
①脾虛泄瀉，可給予補中益氣丸或人蔘健脾丸。
②腎陽虛衰泄瀉，附桂八味丸、或附子理中丸。
③肝氣乘脾泄瀉，予痛瀉要方或逍遙丸服用。
