滴眼藥水的正確方法應該是：滴眼藥水前，先用肥皂洗手，然後用消毒棉籤擦拭眼睛的分泌物和眼淚；滴藥時，最好平躺，或者儘量把頭向後仰，眼睛向上看，用手指輕輕拉下下眼瞼，將藥液滴入眼瞼1-2滴，然後輕輕提起上眼瞼，使藥液充分分佈在結膜囊中；最後，閉上眼睛，同時，立即用手指按壓鼻淚管（鼻根與內眼角之間，如圖所示）約2分鐘，既能保證藥物濃度和療效，又能防止藥物沿鼻腔進入口腔帶來苦味。若有少量眼藥水流入口中也無所謂，只需喝一口清水，再漱口幾次即可。如果嘴裏有少量的眼藥水也沒關係，只需要喝一口水，漱口幾次。許多人害怕滴眼藥水不夠，總是習慣滴幾滴。事實上，每次只滴一滴眼藥水就足夠了，因爲結膜囊中儲存的容量一般只有7微升左右，而一滴眼藥水大約是30微升，多滴只會浪費。
此外，眼藥水瓶口不得接觸眼睛或睫毛，防止污染和二次感染；使用後立即蓋上瓶蓋；如需使用2-3種眼藥水，間隔5-10分鐘；如需同時使用眼藥水和眼藥膏，應先滴眼藥水，5分鐘後塗眼藥膏。
