滴眼藥水時，父母應先擡起嬰兒的頭，用左拇指和食指輕輕分離嬰兒的上下眼瞼，或只用拇指輕輕拉下眼瞼，使眼瞼和眼睛形成小囊，同時右手持眼藥水瓶，瓶口應距眼睛2~3釐米，太近不僅容易觸摸眼瞼和睫毛，造成瓶口和液體污染，有時意外傷害角膜。藥水應滴入小囊，而不是直接滴入角膜，因爲角膜感覺神經非常豐富，容易突然閉上眼睛擠出藥水，影響治療。
滴眼藥水後，輕鬆打開眼瞼，用消毒棉球擦乾溢出的藥水，讓寶寶稍微轉動眼睛，閉上眼睛3~5分鐘，使藥水均勻分佈在疾病中，充分發揮作用。滴眼藥後應閉上眼睛，使局部藥物的有效時間延長5倍。因此，滴眼藥水後閉上眼睛休息是非常重要的。
滴眼藥水的次數一般可以每天滴3~4次，每次滴1~2滴。如果同時使用兩種眼藥水，滴一種後閉上眼睛休息15分鐘，然後滴另一種，以充分發揮療效，增加滴次數比增加液體濃度更有效。
滴眼藥水後，如果眼部皮膚髮癢甚至發紅，則表明有過敏反應。除立即停藥外，還可服用撲爾敏等抗過敏藥物治療。
