巧克力囊腫，是卵巢內膜發生異變的一種病理變化。它不是腫瘤，而是種植在卵巢上的子宮內膜，在每個月經期間都會局部出血，這擴大了卵巢，形成了一個含有舊血的囊腫。這種古老的血液是棕色的，像巧克力一樣粘稠，所以它也被稱爲“巧克力囊腫”。如何診斷巧克力囊腫？
1.瞭解病史：關注月經史、孕產史、家族史和手術史。平時應該特別注意痛經的發生頻率與月經、剖宮產、流產、輸卵管引流等手術的關係。
2.婦科檢查：特別強調分流。在巧克力囊腫患者中，可在附着區域觸及附着在子宮或寬韌帶和骨盆壁上的囊性腫塊，流動性弱，按壓會有輕度疼痛，囊腫直徑一般在10 釐米之內。
3.B型超聲檢查：發現在附屬區和子宮的緊密連接處有一個不規則輪廓的包膜，液體暗區充滿了瀰漫性雜亂和細微的回聲，或者不均勻的片狀回聲，或者直腸和子宮凹陷處有液體暗區。
4.腹腔鏡檢查：.腹腔鏡檢查是現如今巧克力囊腫檢查的一個重要標準。通過腹腔鏡，醫生可以直接窺視盆腔來診察異位病竈或進行活檢以確定診斷，並且可以根據顯微鏡檢查確定卵巢巧克力囊腫的臨牀分期和治療方案。
