一般採取內科治療先天性代謝缺陷病，例如：
從出生開始就要控制寶寶的飲食。早期控制飲食，對一些寶寶的代謝缺陷病有明顯療效，還可阻止病情發展。
寶寶從出生後2個月開始就要補充低苯丙氨酸，以此來代替水解蛋白，這個過程一直持續至6歲左右。
從寶寶出生起就開始不餵乳類及含半乳糖的食物，最好吃一些穀類、水果、代乳粉、肉、蛋類的食物。
寶寶生下來以後就開始用藥物將體內過多蓄積物排出體外。如果是肝豆狀核變性，可用絡合劑D-青黴胺20mg/(kgd)絡合體內過多的銅；如果是原發性痛風，可用丙磺舒等藥，既減少腎小管對尿酸的重吸收，又使尿酸排出增多。
總之，寶寶體內缺啥就要補啥。實在不行的話還可以器官移植，可用胎肝、胎腦、腎臟、骨髓、肝臟等移植治療遺傳代謝性疾病。
還要對症治療。有癲癎的寶寶就要接受抗癲癎治療，骨骼畸形的就要手術矯正，白內障的就要做手術摘除，脾大的要考慮切脾。
