引起扁桃體發炎的病原體通過飛沫、直接接觸等途徑傳入，平時隱藏在扁桃體小窩內，當人體因勞累、受涼或其他原因而致抵抗力減弱時，病原體迅速繁殖而引起發病。引起扁桃體發炎的原因有：
1、細菌、病毒：通常誘發扁桃體炎最根本的病因便是細菌、病毒，而誘發扁桃體炎最常見的致病菌便是鏈球菌。
2、抵抗力低下：當人體抵抗力低下時，極易導致扁桃體炎的發生，諸如兒童、患有慢性疾病的病人，以及精神壓力過大的工作一族等。
3、季節因素：通常扁桃體炎的病發，與季節也有一定的聯繫，諸如換季時，氣溫起伏過大，導致身體免疫力出現異常，最終誘發扁桃體炎的發生。
4、鄰近器官組織炎症：諸如咽喉部位疾病、鼻部疾病以及耳部疾病，都可能導致炎症蔓延至扁桃體，造成扁桃體炎的病發。
5、身體其他疾病：諸如支氣管炎、氣管炎、肺炎等疾病，以及營養不良等的急慢性炎症，也極易導致扁桃體炎的發生。
