手術對子宮內膜異位症的診治起着主要作用。和藥物治療一樣，可能再次出現症狀。但與大多數藥物治療不同，手術可以提高生育能力。
子宮內膜異位症的手術治療是什麼？
一、腹腔鏡檢查
診斷性腹腔鏡檢查時，可使用一系列儀器進行手術切除子宮內膜病變和粘連。和任何醫療程序一樣，都存在手術和麻醉相關的風險。腹腔鏡手術後最常見的副作用就是腹疼痛和不適。這種疼痛可以感受幾天，是因爲腹部殘留的二氧化碳氣體聚集在一起。其他可能的副作用可能包括粘連的發展，很少損害骨盆結構。也許不是外科醫生都能看到子宮內膜異位症，所以不去除。大多數女性在手術當天可以回家。
二、剖腹
如果女性患有廣泛的子宮內膜異位症或粘連或腹腔鏡手術困難，可能需要在腹部做更大的切口。這叫剖腹產手術。需要剖腹手術的女性，住院3~5天，6周左右就能完全恢復。
三、子宮切除
如果女性的症狀持續存在，儘管藥物和保守的手術治療可能會推薦子宮切除。這種類型的手術通常只作爲最後的手段選擇，在其他形式的治療失敗的情況下。子宮切除術將涉及子宮切除和所有子宮內膜異位症。如果卵巢不受影響，可以保持它們，避免手術引起的更年期。然而，研究表明，保留一個或兩個卵巢的女性經常出現症狀復發，有些需要進一步手術。女性患者應與醫生討論子宮切除術中保持卵巢的優缺點。
四、激素替代療法
子宮切除術切除卵巢的女性，有時會使用激素替代療法來幫助緩解更年期症狀。但由於激素替代療法中含有雌激素，認爲激素替代療法可能會導致子宮內膜異位症的復發。因此，子宮切除術後，建議將激素替代療法延遲幾個月，儘量減少子宮內膜植入物。長期使用聯合激素替代療法與一些女性的額外健康風險有關。因此，女性在開始激素替代療法之前應該和醫生討論利害和期待的治療時間。
子宮內膜異位症患者可選擇多種手術治療方案。女性患者選擇的治療取決於許多因素，包括症狀的嚴重程度，植入物的位置，女性的年齡和希望達到的結果。
