總的來講，試管嬰兒移植技術是安全的，但可能會出現一些併發症，需要特別注意。
由於多個卵泡生長，導致體內一些因子發生改變，使得血管內液體漏到腹腔，甚至胸腔內，引起胸腹水。發生率約爲10%。多數人症狀較輕，表現爲腹脹、腹部不適、輕度噁心，可以不予處理；但少數人會出現嚴重腹脹、少尿、腹痛、納差，甚至出現胸悶、氣短等症狀，此時需要給予靜脈補液，甚至收入院治療。不足1%的人可能發生血栓或腎功能衰竭。
2、取卵造成的副損傷
①膀胱損傷，患者可以出現血尿，通常通過留置尿管，進行膀胱沖洗，可以達到止血的目的。
②偶爾會穿刺到腸管或盆腔內血管。
③卵巢出血：少數情況下被穿刺的卵巢會持續出血，有時甚至需要開腹止血。
④盆腔感染
3、卵巢扭轉
由於促排卵治療導致多個卵泡生長，或取卵後形成多個黃體囊腫，使卵巢明顯增大，此時當婦女活動過度或改變姿勢過於迅速時，會導致卵巢扭轉。患者會出現突發的劇烈腹痛，可伴有噁心、嘔吐，如果扭轉的卵巢不能及時復位，可能需要手術治療，嚴重時需手術切除壞死的卵巢。
4、多胎妊娠
由於移植多個胚胎到子宮，因此試管嬰兒移植手術技術導致的多胎妊娠率顯著高於自然妊娠，約爲 25-30% 左右。多胎妊娠晚期流產和早產的風險顯著高於單胎妊娠，母親患妊娠期糖尿病、妊娠期高血壓病、發生難產和產後出血的風險顯著增加。因此，多胎妊娠對母兒都不利。目前許多試管嬰兒移植手術中心爲降低多胎妊娠率，開始減少移植胚胎數，或進行單胚胎移植。對於三胎或三胎以上妊娠者，必須進行減胎，而對於雙胎妊娠者，建議患者減胎。
5、宮外孕
一般人羣宮外孕的發生率爲1%-2.5%。雖然試管嬰兒移植手術是將胚胎移植到子宮內，但由於輸卵管趨化因子對胚胎的影響，胚胎會遊走到輸卵管內，在輸卵管內着牀、發育，造成宮外孕。有時胚胎還會種植在宮頸等部位。因此，接受試管嬰兒移植手術治療並不能防止宮外孕的發生，相反，接受試管嬰兒移植手術治療的婦女宮外孕的發生率高於一般人羣，爲2%-4%。
6、經試管嬰兒移植手術技術產生的後代的安全性
有些文獻報道試管嬰兒移植手術技術可能使某些類型的出生缺陷發生率增加，而一些文獻並沒有類似發現。總的來講，試管嬰兒移植手術技術誕生的後代出生缺陷的發生率是很低的，大約是2～4% 。
