對於不同場景、不同人羣藿香正氣水和液的功效是不同的，不能對哪種功效好一概而論。藿香正氣液比藿香正氣水的藥效要更加溫和，適用人羣更加廣泛。藿香正氣水藥性更爲峻猛，口感、刺激感強，而藿香正氣液不含酒精、不含防腐劑，口感較好，口服量少，藥效更爲柔和。
酒精過敏的人羣優先選用藿香正氣液。藿香正氣液蚊蟲叮咬可以用，紫外線過敏也可以用。溼疹、汗疹可以用原液外塗。外陰瘙癢，性器官可以稀釋後沖洗。對於腳氣可以外塗。藿香正氣液治療細菌性痢疾，腸胃炎，食慾不振，噁心、眩暈、耳鳴、糖尿病有一定的效果。藿香正氣液也更適合老人、兒童以及開車的人服用。但一些比較危急的情況下，如中暑等，此時可以選擇藿香正氣水，以緩解患者的頭暈、噁心等症狀。
