藿香正氣水和藿香正氣口服液的功效和作用是相同的，成分大多也是相同的，有蒼朮、陳皮、茯苓、生半夏、廣藿香、蘇子葉等，都能夠起到解表，除溼，理氣和中的效果，能夠有效緩解外感風寒、內傷溼滯引起的發燒、頭暈、噁心、腹痛、腹瀉等不適症狀。對於西醫所說的腸胃型感冒也有一定的緩解效果。相比較來說，藿香正氣水療效更明顯一些，但口感比較差。
這兩種藥物的區別在於藿香正氣水裏面有乙醇成分，而藿香正氣口服液裏面卻不含有乙醇，兩種藥物的製作方式是不同的，雖然說藿香正氣口服液在治療的時候用到了乙醇，但是製作完成後裏面卻是不含有乙醇的。由於藿香正氣水裏面有乙醇成分，所以嬰幼兒和孕婦是禁止使用的，喝完藿香正氣水以後也不能開車，可能會檢測出酒駕。
