小兒腦囊腫屬於顱內佔位性病變，如果沒有明顯的症狀，可以採取保守治療的方法。如果疾病較嚴重，該疾病主要是以手術治療爲主，分別是內鏡下囊腫腦池造瘻術和剝離開窗術。
1.保守治療：小兒腦囊腫是很常見的顱內佔位性病變，囊腫內大多是腦積液，所以屬於良性病變。因爲囊壁包裹大多數和腦積液相通，如果患上該疾病後沒有明顯的症狀就不需要進行特殊的治療，主要是採取保守治療。可以在每年進行復查，做顱腦CT掃描，這樣能夠明確囊腫的大小是否有變化，以及腦組織受壓的程度。
2.內鏡下囊腫腦池造瘻術：根據手術創傷角度來選擇，可以採取內鏡下囊腫腦池造瘻術，這是一種微創手術，需要滿足一些必要的條件才能進行。首先囊腫在顱底裏和腦池之間要有一定的交界，且存在安全可及的內鏡入路。有少部分患兒腦病處於高分泌狀態，這個時候如果進行該項手術，可能無法有效縮小，建議可以選擇開顱囊壁切除術。
3.剝離開窗術：如果囊腫比較大，而且已經對腦部組織產生了壓迫，例如臨牀症狀明顯或囊腫破裂出血等，就需要首先考慮使用纖維內鏡下剝離開窗、顯微鏡下蜘蛛網囊腫剝離開窗術，通過使用該項手術，可以將囊腫內腦積液和蛛網膜下腔的腦脊液疏通，從而降低腦腔內的壓力，恢復腦組織之前的空間，促進腦組織的正常發育。
