乙型腦炎(簡稱：乙腦)病毒是在1935年由日本科學家從腦炎病人的腦組織中首先分離到的，因此國外稱之爲日本腦炎病毒。乙腦的傳播與動物有很大的關係，據科學家研究，自然界裏能感染乙腦的動物達60餘種，這些動物均可以作爲乙腦的傳染源。
不同的動物，乙腦病毒的感染率是不一樣的。豬的感染率最高，幾乎可達100%;馬、牛、羊、驢等家畜的感染率也都在90%以上;一些鳥類也可感染乙腦病毒，蒼鷺、白鷺的感染率可達40%，家燕和家禽的感染率在7%～27%。各種動物感染乙腦病毒後，無論有無症狀，其血中均可帶有病毒。
多數動物血中帶病毒的時間爲3～7天，少數可有長期攜帶病毒者。但血中病毒的量存在很大的差距。豬不僅感染率高，感染後病毒血症的時間和血中病毒的含量都是所有動物中最高的。牛的乙腦病毒感染率也很高，但在一些以養牛爲主的國家裏，牛的血中未發現有攜帶病毒的現象。國外曾在蝙蝠中分離到乙腦病毒，病毒在蝙蝠血液中存在6天左右，少數可攜帶病毒達2～3年。
動物感染乙腦病毒後，多數不會生病，但馬的發病率特別高，甚至比人感染後的發病率還高10倍以上。我國和日本均發生過乙腦病毒引起的馬腦炎流行，但馬患病後的病毒血症很低，不足以感染吸血的蚊子，因此馬作爲乙腦傳染源的機會很小。
豬感染病毒後，卻不會出現腦炎的症狀，乙腦病毒主要侵犯豬的生殖系統。母豬表現爲流產和死胎，公豬表現爲睾丸炎，只有在子宮內感染的小豬如果存活並出生纔會表現出抽搐等神經系統症狀。
由於豬的乙腦病毒感染率高，血中帶病毒時間長且病毒含量高，因此豬是乙腦的主要傳染源。日本一些地區就是通過對豬的飼養進行管理，將養豬場與人居住的村莊分開，並改善豬舍衛生狀況，達到了控制乙腦流行的效果。
蚊子是乙腦的重要傳播媒介，同時也是病毒的長期宿主，可以帶病毒越冬。能傳播乙腦病毒的蚊種很多，如庫蚊、伊蚊、按蚊等。其國內、外科學家共認與乙腦關係最密切的是三帶喙庫蚊，這種蚊子的自然地理分佈與乙腦的流行地區一致。
蚊子不但能攜帶乙腦病毒過冬，還能通過蟲卵傳代，但病毒在蚊子體內並不能很好地發育和繁殖，只能起到儲存和傳播病毒的作用，因此它只能被稱爲傳播媒介。在福建、廣東、雲南等地，蠓蟲的密度比蚊子還要高，其活動季節、吸血習性和乙腦的流行相吻合，因此也是乙腦的重要傳播媒介。在夏季注意滅蚊、防蚊是預防乙腦的重要措施。
豬的感染高峯較人類乙腦的發病高峯早2～4周。有人發現，豬在經過兩次乙腦病毒感染的流行後纔會造成人類的乙腦流行。在北方，6月初發生第1次豬間的乙腦病毒感染流行，這時只有少數豬被感染.
豬體內的病毒血症期4天爲高峯，此時正是蚊子開始活動的季節，蚊子叮咬豬後感染乙腦病毒，病毒在蚊子體內的繁殖期爲14天，這時蚊子再叮咬豬，引起第2次豬中感染的流行;第2次流行後，約7月中上旬，人類乙腦開始流行。我國南方的流行季節要比北方早1個月左右。因此，我國乙腦疫苗接種的時間一般定爲乙腦流行前的4、5、6三個月。
