丙型肝炎病毒(HCV)是引起丙型病毒性肝炎的病毒，由於HCV基因組在結構和表型特徵上與人黃病毒和瘟病毒相類似，故將其歸爲黃病毒科HCV。
HCV是一種直徑30～80nm的球形顆粒，外有脂質外殼、囊膜和棘突結構，內有由核心蛋白和核酸組成的核衣殼。HCV基因組爲單組正鏈核糖核酸(RNA)，全長約9.4kb。基因組兩側分別爲5’和3’非編碼區，中間爲開放的閱讀框(ORF)，編碼區從5’端依次爲核心蛋白區(C)、包膜蛋白區(E1、E2/NS1)、非結構蛋白區(NS2、NS3、NS4、NS5)。5’非編碼區對HCV的複製和翻譯起調控作用;NS2和NS3具有蛋白酶活性，參與病毒多聚蛋白前體的切割，此外NS3基因區編碼螺旋酶和蛋白酶，NS3蛋白具有強免疫原性，可刺激機體產生抗體，參與解旋HCV-RNA分子，以協助RNA複製，在臨牀診斷中有重要價值;NS4的功能尚不清楚;NS5區編碼依賴RNA的RNA多聚酶，在病毒複製中起重要作用。
