附睾頭囊腫不嚴重，積極選擇手術或囊腫穿刺抽液，可徹底治癒；但患病後不重視，病情加重引起性功能障礙、死精症、無精症等併發症時非常嚴重。
附睾頭囊腫是一種良性病變，不會發生惡變，只要能積極選擇手術治療或囊腫穿刺抽液，就可徹底治癒，對身體健康危害不大。但患病後不重視，導致病情遷延不愈，可能會引發一些併發症，嚴重影響正常生活。
若附睾頭囊腫體積過大，在性交過程中有睾丸、陰囊疼痛的感覺，病情進一步發展會繼發性功能障礙。囊腫體積過大，會壓迫睾丸血液供應，影響睾丸功能，可出現死精或無精症，讓男性喪失生育能力。
