系統性紅斑狼瘡屬於全身性疾病，病發後針對身體各個器官都可造成嚴重危害，常見併發症爲腎臟損害、血液系統異常及消化系統併發症等。
一、腎臟損害
系統性紅斑狼瘡可對腎臟造成損害，可引發狼瘡性腎炎，其首發症狀爲尿檢異常，通過尿檢可檢測出患有狼瘡性腎炎者紅細胞、白細胞及蛋白質成分嚴重異常，隨疾病發展，可演變成尿毒症。
二、血液系統異常
由於系統性紅斑狼瘡血液系統併發症另有分泌抗某種凝血因子抗體，這類抗體可導致血液凝固，而危害血液健康，少部分患者可發生併發症，常見併發症爲溶血性貧血、血小板計數減少、凝血功能障礙等。
三、消化系統併發症
患系統性紅斑狼瘡者，大概率出現消化系統併發症，常見症狀爲噁心嘔吐、腹痛、腹膜炎、胰腺炎等。
