乙肝病毒是一種特別“做衣服”的病毒。在乙型肝炎病毒感染者的血清中，病毒顆粒可高達10的13次方拷貝/毫升，其中完整的(成熟的)乙型肝炎病毒顆粒僅佔萬分之一，只有少數是具有全基因的，有傳染性的病毒顆粒。
每個乙肝病毒只需要約100個HBsAg分子作爲它的外膜蛋白，但是在乙肝病毒複製過程中產生HBsAg的量比病毒裝配所需要的大約多出了10萬～100萬倍，有數百萬HBsAg分子在血液中循環。
那麼，這麼多的HBsAg在乙肝病毒感染的過程中起什麼作用呢?HBsAg不僅只有做病毒“外衣”的作用，它會作用於人體的免疫細胞，保護乙肝病毒，不讓機體免疫系統清除乙肝病毒。HBsAg能作用於T細胞，使其失去殺傷HBV感染的肝細胞的能力;還能作用於B細胞，使其不能對乙肝病毒產生抗體。HBsAg的持續存在使HBV感染慢性化。”因此，HBsAg水平越低，病毒在體內的根基越不牢靠，越容易被清除。
肝細胞的生命週期大約爲100天，每天約有1%的肝細胞凋亡，新的肝細胞再生。新的肝細胞往往是沒有被乙肝病毒所感染的“乾淨”細胞。如果持續使用抗病毒藥物抑制乙肝病毒複製，舊的肝細胞(包括整合了HBV DNA的肝細胞)逐漸凋亡，新的未被病毒感染的“乾淨”肝細胞不斷再生。這種情況長期持續下去，HBsAg是有可能消失的。
我國臺灣的醫生曾對2121例HBeAg陰性慢性HBV感染者進行了長期的隨訪，這些患者中50.4%在28～75歲HBsAg自然消失。作者分析了這些患者HBsAg的有利因素，發現乙肝病毒的C基因型比B基因型更容易自發性HBsAg消失。另外，男性、HBV DNA<2000 IU/ml和HBsAg<100 IU/ml的患者自發性HBsAg消失的比率較高。
在臺灣的另一項研究中，1991-1992年登記納入長期隨訪且HBsAg等數據完整的2946例慢性乙肝病毒感染者在隨訪48149.1人-年期間，累積18%的患者HBsAg消失。
我國香港的醫生對775例HBeAg陽性慢性HBV感染者於HBeAg消失後隨訪1年、5年、10年、15後、20年和25年，HBsAg消失率分別爲0.3%、1.3%、3.0%、8.9%、15.7%和23.6%。
從這些研究中可以看出，要達到HBsAg消失，首先要達到e抗原的消失和血清學轉換和HBV DNA複製的長期抑制。
