一般情況下，HPV基因整合只能證明病情加重，可能存在宮頸病變，但需進一步檢查明確。具體分析如下：
HPV是一種環狀雙鏈DNA病毒，當HPV的環狀雙鏈DNA通過表皮破損部位進入人體細胞後，有一部分斷開成單鏈，嵌入基因組中，這個過程就在臨牀上被稱爲整合。當HPV基因組與人基因組進行整合時會引起嵌入點位的DNA序列發生突變，HPV也會與宿主細胞基因組結合，使宿主細胞在分裂、增殖時攜帶上HPV病毒基因組，幫助HPV複製並逃避宿主細胞免疫系統的清除，所以HPV基因整合表明病情在進一步加重，出現宮頸病變的可能性顯著增加。
HPV基因整合也是致癌的一個重要機制，但單純依靠HPV基因整合，還無法明確判斷疾病的嚴重程度，可進一步做TCT檢查，必要時做陰道鏡、病理組織活檢等，明確感染的嚴重程度，並根據檢查結果制定個性化的治療方案，促使HPV儘快轉陰，降低患宮頸癌的風險。
