重症肌無力的病因及發病機制較複雜，迄今尚未完全闡明。近年來通過對乙酰膽鹼受體(AChR) 的廣泛研究取得了較大進展。通過一系列的實驗研究均證明本病患者的突觸後膜存在病變，其表面有效的AChR減少是本病的重要病理生理基礎。
大量實驗資料、免疫學方面和臨牀研究均說明本病系對自身AChR致敏，且存在多元性免疫反應的自身免疫性疾病。自身免疫的靶器官主要是突觸後膜的AChR。約80%以上的本病患者伴有胸腺增生，其中10%～20%患者並有胸腺瘤。胸腺公認爲本病致病的主要器官，其始動抗原來自胸腺，胸腺中肌樣細胞膜表面存在AChR。本病可能是由於機體在感染或遺傳等致病因素影響下，致胸腺內肌樣細胞上的AChR易脫落，使機體免疫系統致敏，產生抗AChR抗體，通過一系列多環節免疫反應，並在補體介導下，經循環沉積於突觸後膜，造成突觸後膜形態和功能損害，從而導致神經肌肉傳遞障礙而致病。本病遺傳因素不明顯，有家族性重症肌無力病例報道，有文獻報道遺傳因素在本病的發病中似起一定作用。組織相容抗原(HLA)檢測發現MG的易感性與某些HLA相關，不同種族和地區的遺傳表型各不相同。
