病毒性腦會復發，但是複發率較低，多與患者治療不當、未消除誘因等因素有關。
1、治療不當
病毒性腦炎以抗病毒治療爲主，服用抗病毒類藥物系統性進行抗病毒治療.可降低病毒活性，減少局部症狀促進病情康復。但是，誘發病毒性腦炎發作病毒種類較多，不同的病毒種類適應的抗生素類藥物有所不同，如果在治療時治療不當，可誘發病情再次復發。
2、未消除誘因
引起病毒性腦炎發作誘因有很多，在治療時除了對症治療以外，也要進行對因治療。發病後需要通過相關檢查確切具體病情以及誘發的主要誘因，制定出合理性治療方案，如果在治療時僅改善局部症狀，而誘因未消除，在適當條件下，病情可再次復發。
