高位複雜性肛瘻手術也分爲輕症和重症兩種，對於正常的高位複雜性肛瘻手術，一般手術時間大約半個小時就可以完成，而對於嚴重的高位複雜性肛瘻手術得需要一個多小時的時間。高位複雜性肛瘻手術以後完全癒合需要差不多兩個月的時間。
進行高位複雜性肛瘻手術時，需要進行麻醉，才能夠使手術順利進行。麻醉除了可以使患者少承受疼痛以外，還可以讓肛門肌肉更加放鬆，有利於手術的進行。麻醉時間一般大約需要20分鐘，就可以使患者完全放鬆，能夠進行手術，正常的高位複雜性肛瘻手術治療，時間大約用十分鐘就能夠完成。因此，綜合起來正常的高位複雜性肛瘻手術時間爲半小時。有的高位複雜性肛瘻手術症狀比較嚴重，除了肛瘻情況複雜外，還需要在進行肛瘻手術的過程中，需要對直腸進行處理，這就延長了手術進行時間。因此重症的高位複雜性肛瘻手術比正常的高位複雜性肛瘻手術所用的時間要長，從麻醉開始到手術結束大約需要一個多小時的時間。
做完重症的高位複雜性肛瘻手術以後要想使手術傷口完全癒合，大約得需要兩個月的時間。在此期間內患者一定要注意保持肛門消毒衛生工作，防止手術傷口感染化膿。
