肛乳頭瘤一般無法自愈。瘤體較小，病情較輕，可通過溫水坐浴及局部外用藥物方式治療。瘤體較大，通常做手術治療。
肛乳頭瘤是一種良性腫瘤，可是一旦形成，不加以治療症狀有可能加重。有些嚴重肛乳頭瘤還有可能引起肛瘻等嚴重併發症，肛乳頭瘤不能自愈。需要及時進行正規治療。
如果肛乳頭瘤瘤體較小，並沒有引起明顯肛門不適，可以通過溫水坐浴方式緩解病情，也可以在局部外塗能消腫止痛藥液。如果肛門乳頭瘤瘤體較大或病情嚴重，通常採用手術方法治療。面對較大肛乳頭瘤，手術結紮時應貫穿做“8”字縫扎，這樣可以防止結紮線滑脫及大出血。
