腸胃感冒具體用藥需結合病因及症狀分析。如免疫缺陷，可吃抗病毒藥；細菌感染所致，可吃抗生素；伴隨高熱者，可吃非甾體類抗炎藥；病原微生物感染者，可吃黏膜保護劑；伴碎鼻塞流涕者，可應用減充血劑等。腸胃感冒是由柯薩奇病毒引起，並伴有細菌性感染胃腸道炎症，有胃腸道功能紊亂、消化不良、腎臟損害等副作用。
人體免疫系統可清除引起腸胃感冒病毒，無需應用抗病毒藥。若有免疫缺陷，可服用利巴韋林等抗病毒藥，儘快抑制病毒複製，縮短病程。
如出現發熱、咳黃痰，多因合併細菌感染所致，可酌情應用青黴素類、大環內酯類或頭孢類抗生素，如阿莫西林、阿奇黴素、頭孢呋辛等。
常用藥爲尼美舒利，有解熱鎮痛、抗炎等作用，可緩解腸胃感冒導致高熱。患有活動性消化性潰瘍病、嚴重腎功能障礙或肝功能不全者，禁用此藥。
如發生水樣腹瀉，可服用蒙脫石散。該藥爲黏膜保護劑，能抑制病原微生物及其毒素對胃腸道產生持續刺激，並能保護消化道黏膜。
如伴隨大量流鼻涕、嚴重鼻塞等症狀，用藥可收縮鼻黏膜血管，防止大量血漿進入鼻黏膜組織間隙，減輕鼻塞及流鼻涕症狀。
