丙型肝炎的治療目標與乙型肝炎和艾滋病不同。丙型肝炎的治療目標是達到“持續病毒學應答”，也就是說達到完全治癒。
乙肝病毒要進入肝細胞核中，在肝細胞核中cccDNA，然後在以cccDNA爲模板複製;乙肝病毒cccDNA的壽命特別長，堪稱“與肝細胞共存亡”。所以，目前的藥物很難將病毒的cccDNA完全清除，目前的治療目標只能是長期治療，“最大限度地抑制乙肝病毒的複製”，期待病毒cccDNA逐漸“耗竭”，纔可能達到理想的治療終點。
艾滋病毒不僅要進入宿主的CD4淋巴細胞的細胞核中，而且會通過“逆轉錄”的方法在細胞核內生成艾滋病毒的“前病毒”，再與人體細胞核的遺傳物質DNA整合爲一體，只要被感染的CD4淋巴細胞不死，病毒就會源源不斷地從細胞內複製出來，再去感染新的CD4淋巴細胞。
這種手段太陰險了，它可能使人體免疫毫無察覺，免疫系統和藥物都無法把病毒從體內清除出去。所以，艾滋病目前的治療目標只長期抑制病毒複製，重建或維持免疫功能，減少艾滋病相關的發病率和病死率。
但丙肝病毒的複製與乙肝病毒和艾滋病毒不同。丙肝病毒RNA的複製不進入肝細胞核，只在肝細胞質中進行;而且，丙肝病毒RNA分子的壽命很短，其半衰期僅僅10小時，需要不斷地在肝細胞質中更新複製。因此，使用抗病毒藥物抑制病毒後，病毒則很容易被清除。只要肝細胞中的病毒被完全清除，則停藥後也不會出現病毒學反彈。
因此，丙肝病毒感染是可以完全治癒的，只要抗病毒藥物治療結束後12周或24周用靈敏的方法在血中測不到HCV RNA，就達到了“持續病毒學應答”的治療目標，也就意味着丙肝病毒感染完全治癒了。
