小腦萎縮的原因很多，如存在先天因素、後天因素，血液供應、免疫反應、腫瘤、炎症等。
小腦萎縮也稱爲脊椎小腦萎縮症，是一種以家庭爲主導的遺傳神經系統疾病。只要其中一位父母患有這種疾病，他們的孩子就有50%的機會遺傳該疾病並發展爲該疾病。同時發現與許多因素有關，例如病毒感染、免疫缺陷、缺乏生化酶、異常的DNA修復功能等。當人體向大腦供血不足時，會引起大腦局部缺血和缺氧，導致腦實質廣泛擴散性病變，嚴重損害大腦的綜合功能，甚至引起小腦萎縮。腫瘤患者可能發生副腫瘤綜合徵，即使腫瘤沒有轉移，也可能對身體其他器官造成損害，甚至神經系統也可能受到影響，並且可能對大腦、脊髓、周圍神經造成損害，引起小腦萎縮。病毒，細菌和真菌會引起中樞神經系統嚴重的傳染病，即大腦的實質性炎性疾病。腦炎治療後，可能仍會留下腦炎後遺症，如運動障礙、智力低下、失語、眼癱、吞嚥困難等。
