子宮內膜異位症拖久後，可使痛經加重、導致不孕、誘發巧克力囊腫、引起泌尿系統異常，甚至會發生癌變。
1.痛經加重：子宮內膜異位症是子宮內膜脫落後未排出體外，在子宮腔與子宮肌層以外部位浸潤生長的疾病。出現子宮內膜異位症時常有痛經症狀，如患病後不治療，治療導致病情加重，痛經呈進行性加重表放射，降低患者生活質量。
2.導致不孕：患有子宮內膜異位症後不積極治療，可使盆腔免疫微環境發生改變，導致不孕。臨牀數據顯示，約50%-70%的子宮內膜異位症患者不孕。
3.誘發巧克力囊腫：患者常發生週期性的內膜脫落和出血，如血液排出不暢，積存在卵巢內，可形成巧克力囊腫。
4.引起泌尿系統異常：病情嚴重時可導致輸尿管積水、腎盂積水，出現尿急、尿頻、尿痛等泌尿系統不適症狀。
5.發生癌變：內膜在卵巢內異位生長，可使卵巢組織形態學上發生變化，可能會發展爲卵巢癌。
