在臨牀上，肉眼下觀察到的鼻咽癌可呈結節型、菜花型、浸潤型和潰瘍型四種形態，而組織學上鼻咽癌的分類則沒有這麼直觀，鼻咽癌絕大多數起源於鼻咽黏膜柱狀上皮的儲備細胞，該儲備細胞是一種原始多能性細胞，可分化爲柱狀上皮，也可分化爲鱗狀上皮。
1、腺癌
多來自黏膜的柱狀上皮。高分化腺癌極少見，癌細胞排列成腺泡狀或腺腔樣結構。低分化腺癌癌細胞排列成不規則的索條狀或片狀，偶有腺腔樣結構或形成腺腔的傾向。
2、鱗狀細胞癌
高分化的鱗狀細胞癌癌巢細胞分層明顯，可見大量角化珠。低分化鱗狀細胞癌常無角化現象，癌細胞形成大小不等、形狀不規則的癌巢，癌細胞分層不明顯。癌細胞呈多角形或卵圓形，胞漿豐富，境界清楚，少數癌細胞尚可見細胞間橋。低分化鱗癌多見。
3、未分化癌
主要有兩個亞型。一型稱泡狀核細胞癌或大圓形細胞癌，舊稱淋巴上皮癌。癌巢大小不等，形狀不規則，與間質界限不很明顯。癌細胞體積較大，胞漿豐富，細胞境界不清，核大呈空泡狀，核圓形或橢圓形，核膜清楚，可見1～2個大核仁。癌細胞間常見淋巴細胞浸潤。另一型特點爲癌細胞較小，胞漿少，呈圓形或短梭形。癌細胞瀰漫分佈，無明顯癌巢形成。惡性度較高。
