微生態調節劑，是供口服或經其他黏膜途徑投入的含活菌和(或)死菌(包括組分和產物)的微生物製劑。具有調解和改善腸道微生物和酶的平衡，刺激特異性和非特異性免疫的作用，用以增進健康、防治疾病。
目前可供選擇的微生態調節劑有數十種，根據他們的來源和不同組成成分可做以下區分和選擇：來源於食品的有發酵食品如酸奶，來源於保健品的如昂立1號，來源於藥品的如整腸生、培菲康等。作爲藥品使用的微生態調節劑按成分不同分爲益生菌、益生元和合生元三大類。
益生菌是人體的有益菌，含有活菌或死菌(菌體成分及代謝成分)，有液態和固態的，經口服或其他黏膜給藥，可改善菌羣失衡狀態。益生元是一種不被人體消化的食物成分，在腸道能選擇性地刺激有益菌生長、繁殖，增進宿主健康，如寡聚糖等促進雙歧桿菌生長的因子，合生元是益生菌與益生元的組合製劑，也有再加入維生素、微量元素的，我國也有加入中草藥的。
具體可選擇的微生態製劑有由單一活菌製劑做成的乳酶生、麗珠腸樂膠囊(含雙歧桿菌)、整腸生膠囊/顆粒劑(含地衣芽胞桿菌)、米雅顆粒(含酪酸梭狀芽胞桿菌)、腸復康(含蠟樣芽胞桿菌)、億活粉或膠囊(含凍幹活布拉德酵母菌)、舒暢寧片、定君生膠囊(含乳酸桿菌)等。
死菌或細菌代謝產物製劑有樂托爾散劑或膠囊(含熱處理的嗜酸乳酸桿菌及其代謝產物)、乳酸菌素片(含以鮮牛奶爲原料提取的促進有益菌生長的物質)；多菌種微生態製劑如培菲康、金雙歧、普樂拜爾、威特四聯活菌片、聚克、美常安等。
雖然臨牀上應用微生態調節劑是安全的，到目前爲止還沒有因過量使用而發生不良事件的報告，但由於其作用的專一性較差，使用時應選擇合適的適應證。同時對製品的選擇上應對其性能、質量、效果作充分了解。
應用時需注意幾個問題：
①判定是否存在菌羣失調和確定嚴重程度。
②原則上不要同時使用抗生素，重症患者不能停用抗生索時，需加大微生態調節劑的用量。
③同時注意要提高患者機體全身免疫力。對腹瀉病人應瞭解有無水電解質失調及低蛋白血癥，若有應作相應的處理，對頻繁水樣瀉而腸道無明顯炎症的患者，應酌情給予收斂劑，對長期慢性腹瀉者應儘量針對病因處理，同時可合用增強免疫力的中西藥。
④活菌效果最好，複合菌種比單菌種效果好，但不是菌數越多越好。在選擇微生態調節劑治療腸道菌羣失調時，全面細緻的考慮方能取得良好的治療效果。
