腸道腫瘤和腸道炎症等腸道器質性病變會對正常的排便產生影響，嚴重了就會導致便祕。直腸和肛門病變以及各種內分泌或代謝性疾病也是導致便祕的常見疾病。除此之外，便祕的發生和結腸神經肌肉病變以及各種免疫系統性疾病也有一定的關係。
1.腸道器質性病變：各種腸道器質性病變可導致便祕，比如說發生在腸道的腫瘤和炎症。不管是腸道腫瘤還是腸道炎症，都會使腸腔變得狹窄，甚至還會發生梗阻，這樣一來，糞便在腸道內的空間會明顯縮小，排便的時候自然要費力，嚴重了就會導致便祕。
2.直腸和肛門病變：直腸和肛門病變也容易導致便祕。在生活當中，患有直腸和肛門疾病的人不在少數，較爲常見的就是直腸內脫垂和痔瘡，再就是直腸前膨出和盆底病等疾病，這些直腸和肛門的病變都會在一定程度上影響到大便的正常排泄，久而久之就形成了便祕。
3.內分泌或代謝性疾病：便祕的發生和某些內分泌或代謝性疾病有關係，比較常見的就是糖尿病和甲狀腺功能低下，也有可能是甲狀旁腺疾病引起。這些內分泌或代謝性疾病容易引起內臟神經損傷，也會影響到腸道的正常功能，使腸道的蠕動能力減弱，久而久之就形成了便祕。
4.結腸神經肌肉病變：結腸神經肌肉病變也會導致便祕，比如說結腸冗長和巨直腸，再就是假性腸梗阻先天性巨結腸。這些都屬於是先天性的疾病，很容易引起排便障礙，如果沒有及時地進行治療，患上便祕的機率會大大地增加。
5.免疫系統性疾病：很多的免疫系統性疾病也會引發便祕，比如說系統性紅斑狼瘡和硬皮病。這些免疫系統性疾病會導致自身的免疫功能發生紊亂，正常的細胞被損傷和破壞，進而影響到身體多個系統和器官，其中也包括消化系統，進而引發各種消化系統疾病，便祕就是其中之一。
